Система электронно-лучевого напыления доступна в двух различных конфигурациях. Компактная вертикальная двухкамерная конфигурация состоит из основной кубической камеры размером 14 дюймов, в которой располагается держатель для пластин, под основной камерой предусмотрена вторая камера с источником электронного луча. Данная конфигурация может быть оснащена затвором между двумя камерами, который применяется в качестве загрузочного шлюза для сохранения вакуума на источнике электронного луча и испарительных карманах во время загрузки и выгрузки подложек из основной камеры.
В задачах, где требуется применять автоматическую загрузку и выгрузку пластин, третий загрузочный шлюз крепится с левой стороны куба к другому загрузочному шлюзу. В этом случае давление в основной камере может быть понижено до уровня 10-7 торр, что позволяет начинать напыление через несколько минут после загрузки пластины. Вторая конфигурация включает одну большого камеру, которая позволяет устанавливать электронно-лучевые пушки, магнетроны и устройства термического напыления непосредственно на базовую плиту. В данной конфигурации возможно выполнять напыление на несколько подложек с применением планетарного подложкодержателя.
NANO-MASTER также предлагает комбинированную систему напыления с использованием маскирования подложки и контролируемых компьютером скоростей напыления отдельных электронно-лучевых источников.